iTRAQ（Isobaric Tags for Relative and Absolute Quantitation）属同重元素标签（isobaric）家族的早期代表：多套样品在蛋白酶切后用不同同位素组成但近似相同总质量的标签酰胺化连接于肽段末端或 Lys 侧链。混合进样后的一级质谱中不同通道标签共洗脱在同一母离子群中，随后在 MS/MS（通常需较高能量）时标签区段碎裂释放出小分子 reporter ions（或再结合 low-mass balancer 差额）从而在谱图低质量区读出各样品相对比值。

经典的 iTRAQ 4-plex/8-plex 可把多组生物学条件编码进一次 LC-MS/MS 实验中，从而获得倍数变化推断；需注意通道间报告离子存在与共碎裂、基质抑制、比值压缩等技术现象——统计建模与离线分级可改善。

图 1. 碎裂释放出用于定量的 reporter 片段。

简要实验流程

蛋白酶解肽段混合物 → iTRAQ试剂标记→ 等量（或按比例） pooling → nanoLC分离 → CID/HCD/EThcD 多级质谱 → 定性搜库兼提取 reporter intensities/ratios → 归一 / 统计分析 → 可视化火山图 Heatmap。关键质控：标记效率、pH稳定性、离线分级覆盖率、生物学重复个数。

图 2. 并行标记 + 单次上机≠可以省略生物学重复。

策略对照

图 3. 多维条件≠只能 iTRAQ，应回到实验设计。

FAQ

1、iTRAQ 适合组织样品吗？

可以。体外肽段标记不要求活细胞SILAC脉冲，但要注意翻译后批次效应。

2、为什么有时倍数被“压扁”？

共碎离子竞争、饱和度、离线分级不充分或软件提取模型假设均可导致比值压缩——需校正模型或补强分级。

3、必须 HCD？

不同平台碎片化效率不同；需根据仪器选择与谱图质检微调。

4、与 TMT 完全等价吗？

结构族相似但试剂化学、通道 Reporter 分布、谱图处理方式不同——不可简单当作软件参数复制。

5、iTRAQ 能否绝对定量？

常作相对比较；若需绝对摩尔浓度需 spiked 标准或非标记绝对策略辅助。

结论

iTRAQ 蛋白组学把多样品比较编码进单次质谱链路，是传统发现型差异蛋白研究的重要箭头之一。成功项目来自：合理重复、标记效率 QC、色谱深度、统计模型选择与对比值压缩现象的清醒认识。当通道数超出 8plex 或对成本/体内标记有需求时，可扩展评估 TMT、SILAC或DIA。根据科学问题交由专业团队在仪器（Orbitrap 系列 CID/HCD/EThcD 适配）和数据管线维度落地。

百泰派克生物科技特色项目

一、蛋白测序

百泰派克生物科技使用Thermo公司新推出的Obitrap Fusion Lumos质谱仪及岛津公司埃德曼降解测序系统对蛋白质序列进行分析，提供基于质谱的蛋白测序分析服务，包括对蛋白质的氨基酸组成分析，N端测序，C端测序和全序列分析，以及基于埃德曼降解的蛋白质N端序列分析服务。对于未知理论序列的蛋白质，提供基于从头测序法的蛋白质从头测序服务，对蛋白序列进行分析。

※服务优势：

1.采用目前世界上先进的质谱仪器 Obitrap Fusion Lumos;

2.可实现对所测定靶蛋白序列 100% 的覆盖;

3.可测定蛋白N端多达 70个氨基酸序列;

4.可测定多种形式的样品: 蛋白溶液、PVDF 蛋白条带;

5.样品用量低: 蛋白样品仅需 5-10ug，即可完成检测;

6.测序不受N端封闭，PEC和和糖基化等N端修饰的影响。

二、蛋白质组学

百泰派克生物科技采用Thermo Fisher的Orbitrap Fusion Lumos质谱平台结合Nano-LC，提供定量蛋白质组学、靶向蛋白质组学、多肽组学、翻译后修饰蛋白组学等多种蛋白质组学分析服务。此外，百泰派克生物科技新推出基于timsTOF Pro的4D蛋白质组学服务，助力微量样本蛋白组学、大样本群医学及高通量修饰组学等研究工作。

※服务优势：

1 .高通量定量蛋白分析:多对照组大规模实验分析，发现新的生物标记物;

2.体内体外多种蛋白质标记方法，适用于分析组织、细胞、血液等多种样品;

3.质谱分析灵敏度高，实验结果重复度高;

4.可检测较低丰度蛋白，线性范围广;

5.专业生物信息学分析，分析更系统准确。

三、单细胞质谱流式技术分析

百泰派克生物科技采用Fluidigm质谱流式系统进行单细胞质谱流式技术分析，采用金属元素标记物（通常是金属元素标记的特异抗体）标记细胞表面和内部的分子，然后用流式细胞原理分离单个细胞，再用电感耦合等离子体质谱（ICP-MS）分析单个细胞的原子质量谱，最后将原子质量谱数据转换为细胞表面和内部的信号分子表达量。

※服务优势：

1.技术先进，填补技术空白

采用金属标记抗体技术，避免了传统流式荧光通道少且易相互影响的问题。可在单细胞层面上对多种指标同时进行表征，百泰派克生物科技可做到同时检测51个目标蛋白。

2.分析数量大，成本较低

单细胞RNAseq受成本等因素限制，所有样本细胞汇总的分析数目一般在2x10^4个左右，而流式质谱技术一次（单样本）就可分析至少10^5的细胞，实现了数量级的提高，且成本不高于单细胞RNAseq。

3.应用前景大

①流式质谱结果可以给出细胞亚群的变化，在临床诊断、疾病机制研究等方面具有极大的研究前景；

②将金属标签技术与其他技术结合会有新应用方向。除常规蛋白外，质谱流式细胞技术还可用于蛋白翻译后修饰；

③可检测细胞存活率、细胞大小、mRNA转录子表达量、DNA合成速率以及蛋白酶活性等。

四、基于高精度质谱的免疫多肽组学分析及新抗原发现

百泰派克生物科技的基于高精度质谱的免疫多肽组学分析及新抗原发现一站式解决方案包括我们专有的、高度敏感的免疫肽富集和鉴定方案。我们能够帮助您实现10,000个以上I型多肽和10,000个以上II型多肽的鉴定和识别。通过我们优化的高通量免疫多肽组学分析平台进行免疫肽组学分析，可从最小的样品材料中进行可重复的识别和定量。该服务可以应用于大规模的研究，旨在助力科研工作者寻找癌症、免疫疾病及传染病的解决方案，深入挖掘未知的靶标。

五、生物药物表征

百泰派克基于高分辨率质谱技术，MALDI TOF，高效色谱分离技术，提供一系列完善的生物药物分析方案，从蛋白质、多肽、抗体、疫苗等生物制品的氨基酸组成和一级结构分析，到产品变异性和纯度分析。旨在提供优质生物药物分析服务，帮助生物医药生产商提高生物药物品质。

百泰派克生物科技七大检测平台

百泰派克生物科技-生物制品表征，生物质谱多组学优质服务商

北京百泰派克生物科技有限公司致力于为生物/制药和医疗器械行业提供质量控制检测和项目验证等专业服务。公司实验室遵循NMPA、ICH、FDA和EMA等的法规和指导原则，通过CNAS/ISO9001双重质量体系认证，建立了完备的质量体系，数据冷热/异地备份，设备定期计量/期间核查，软件审计追踪，为客户提供一体化解决方案和技术服务，支持新药研发、药物申报注册和生产放行。

1.公司采用ISO9001质量控制体系，专业提供以质谱为基础的CRO检测分析服务；

2.获国家CNAS实验室认可，为客户提供符合全球药政法规的药物质量研究服务；

3.业务范围覆盖蛋白质组学、多肽组学、代谢组学、生物药物表征、单细胞分析、单细胞质谱流式、生信云分析以及多组学生物质谱整合分析等；

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